O principal fator negativo é o custo de instalação inicial. Em projetos residenciais, além das células, há despesas com fiação e equipamentos elétricos. Alguns estados oferecem subsídios, mas muitas vezes o custo é proibitivo.
A manutenção também é uma desvantagem: placas sensíveis expostas ao sol têm vida útil limitada, precisando ser substituídas pelo menos uma vez por ano.
Sem sol direto, as células falham em gerar energia efetiva. Em áreas nubladas ou com poluição intensa, não são alternativa viável.
Painéis solares precisam de amplo espaço para desempenho eficiente. Em pequena escala, colocam-se no telhado, mas prédios altos ou muito pequenos restringem o espaço. Instalações industriais exigem grande área; economia reduz-se onde o solo é caro.
Células solares não coletam energia à noite ou sem luz solar suficiente, limitando eficácia a cerca de 8 horas/dia. Sistemas de armazenamento (UPS) ajudam, mas a fonte não é totalmente confiável.
Embora consideradas ecológicas comparadas a combustíveis fósseis, os componentes das células solares são perigosos para o meio ambiente e frequentemente descartados inadequadamente.