A energia das ondas levanta preocupações sobre pesca e saúde do ecossistema. Em escala comercial, instalações de energia de ondas ou marés cobrirão grandes áreas. Áreas de pesca podem ser perturbadas pelos dispositivos de ondas. Cada máquina de onda é ancorada e tem cabos para transportar a energia convertida. A preocupação de segurança para a vida marinha é o dano aos ecossistemas. Recifes e pântanos salinos são sensíveis a fatores ambientais e pequenas mudanças no silte e areia podem representar problemas de segurança para criaturas marinhas na área. Outra preocupação é para organismos sensíveis a campos de energia eletromagnética muito próximos aos cabos submarinos.
Cada unidade de onda contém fluido hidráulico que poderia ser liberado na água e impactar o ecossistema. Segundo o Serviço de Gestão Mineral do Departamento do Interior dos EUA, fluidos não tóxicos podem ser usados. Programas de monitoramento e "projetos de contenção secundária" minimizarão quaisquer preocupações potenciais de vazamento químico. Outra consideração tóxica potencial é o uso de biocidas, que são produtos químicos usados para impedir o crescimento de organismos marinhos. A tecnologia de ondas ainda está sendo desenvolvida e essas preocupações de segurança são baseadas em potenciais problemas de segurança, não em incidentes reais.
A colocação de dispositivos de ondas é uma preocupação de segurança para o tráfego de barcos, como pesca e navegação recreativa. Além disso, para dispositivos de ondas colocados mais longe no mar, eles poderiam interferir nas rotas de navegação. Para abordar essa preocupação de segurança, os dispositivos de ondas serão obrigados a ter equipamentos de aviso, como sinais, radar, refletores e luzes.
Ao instalar um dispositivo de onda ou remover um antigo, ecossistemas marinhos podem ser impactados. A colocação de cabos conectados ao dispositivo de onda perturba o fundo do oceano e todo o ecossistema. Quando um dispositivo de onda não está mais operacional e é removido, o processo perturba a vida marinha que se adaptou ao dispositivo. Por exemplo, pássaros podem fazer ninhos na parte do dispositivo que está acima da água e perderiam seu local de nidificação.