Elogiada como um tratamento científico e baseado em evidências para crianças com autismo e atrasos de desenvolvimento, a Análise Comportamental Aplicada, segundo o site Autism Speaks, não está isenta de problemas ou críticas. Vários fatores lançam uma sombra negativa sobre este método de tratamento, sem mencionar seu custo.
Nenhuma diretriz nacional, estadual ou regional atualmente regula a Análise Comportamental Aplicada. Padrões de elegibilidade existem para terapeutas que optam por passar por licenciamento pelo Behavior Analyst Certification Board, mas não é um requisito para praticar ABA. Neste momento, padrões generalizados discutem apenas requisitos de graduação, currículo e supervisão. Muitos programas existem para terapia ABA, mas cada um tem suas diferenças. Isso dificulta a regulação da administração de tratamento ABA eficaz.
A terapia ABA requer um mínimo de 20 horas e até 40 horas por semana para ser uma intervenção eficaz para crianças com autismo e atrasos de desenvolvimento, segundo o site Autism-Help. O tempo extensivo necessário para ver resultados pode ser desanimador para muitos pais, já que esse nível de terapia não costuma estar disponível em muitas áreas. Terapia particular é cara e pode custar milhares de dólares por ano. Seguro saúde pode pagar apenas uma parte dessas horas, dependendo do nível de deficiência da criança.
A Análise Comportamental Aplicada não é um tratamento "tamanho único" para autismo ou atrasos de desenvolvimento. Cada criança precisa de um programa personalizado dependente da significância de sua condição e necessidades. A falta de compreensão sobre o diagnóstico, autismo e o tipo de intervenções necessárias pode deixar a terapia ABA deficiente para algumas crianças. Tentativa e erro é necessário para personalizar o programa para cada criança, o que pode consumir tempo e esforço extensivos por parte de pais e terapeutas. A falta de um programa padronizado pode resultar em atrasos no tratamento para uma criança até que as intervenções certas sejam descobertas.
A falta de diretrizes padronizadas também resulta em falta de profissionais qualificados praticando terapia ABA. Um terapeuta pode praticar este tipo de terapia sem qualquer treinamento formal, simplesmente lendo um livro ou fazendo um curso online rápido. A demanda por este tipo de terapia aumentou com a quantidade de crianças sendo diagnosticadas com alguma forma de transtorno do espectro autista. Muitos pais decidem implementar programas ABA por conta própria, devido às extensas horas necessárias e à falta de terapeutas para implementar as horas.