Tipi di Atomi AutoDock: Elementi Supportati per il Molecular Modeling

AutoDock è una piattaforma educativa che usa atomi noti e un'interfaccia a griglia in combinazione con applicazioni di legame per predire la velocità di legame della maggior parte delle piccole molecole. Permette agli studenti di studiare virtualmente il legame molecolare senza richiedere costoso tempo di laboratorio e formazione.

Elementi

• AutoDock supporta gli elementi base: H, C, N, O, F, Mg, P, S, Cl, Ca, Mn, Fe, Zn, Br, I. Questi sono parametrizzati nel programma per riconoscerne caratteristiche fisiche, attributi e reazioni ad altri elementi. Possono formare una molecola ed essere testati con un'applicazione di legame o solvente. Esempio: uno studente indicherebbe due atomi di idrogeno e uno di ossigeno (H2O) e potrebbe testare questa molecola d'acqua contro la sua velocità di legame.

Legame

• AutoDock supporta una varietà di chimici ed elementi di legame (docking); il nome o etichetta dell'elemento di docking va digitato nell'interfaccia utente per localizzarlo e selezionarlo. AutoDock fornisce strumenti per visualizzare, monitorare e accelerare il processo di legame: cristallografia a raggi X, drug design basato su struttura, ottimizzazione lead, screening virtuale (HTS), design librerie combinatoriali, docking proteina-proteina, studi meccanismi chimici. Permette allo studente di lavorare con elementi e legarli in varie condizioni per ottenere i risultati di test migliori e più accurati.

Mappa a Griglia

• La griglia o Grid Map di AutoDock serve ad accoppiare elementi con leganti; lo studente deve inserire il nome chimico dell'elemento in formato a lettera singola per trovarlo sulla griglia. Gli elementi sulla griglia sono già stati studiati e testati e i loro perimetri definiti. Questo permette di selezionare semplicemente un atomo e legante senza inserire dettagli. La Grid Map permette allo studente di imparare proprietà e perimetri dell'atomo mentre ne testa la velocità di legame.

Aggiungere Elementi

• Se uno studente ha un elemento non ancora inserito in AutoDock, può inserirlo usando il file di perimetro preesistente con le informazioni esatte sull'atomo in questione. Va poi caricato su AutoDock e calibrato, ricalibrato per accuratezza prima del test. Tuttavia, aggiungere un elemento richiede conoscenza approfondita di come l'elemento agirà e reagirà durante il legame e con altri atomi.